UAB IT aide à alimenter les percées génomiques

Lorsque le Dr Curtis Carver, Ph.D., a pris ses fonctions de CIO à l'Université d'Alabama-Birmingham en 2015, il a été confronté à un "musée de l'informatique", comme il l'appelle – des instances de chaque système d'exploitation, périphérique de stockage et application sur le marché depuis 30 ans.

La première priorité de Carver était alors de nettoyer le gâchis obsolète et de rationaliser l'ensemble de l'infrastructure technologique sur une plate-forme unique et complète qui permettrait aux milliers de scientifiques de l'université d'innover et de faire des découvertes de recherche révolutionnaires.

"Nous avons lancé un mouvement vers un modèle rationalisé, et c'était un cloud hybride", a déclaré Carver à CIO.com. « Lorsque vos chercheurs font de la médecine personnalisée ou de la recherche en génomique, les ensembles de données sont si volumineux que la vitesse de votre réseau n'a pas d'importance. C'est la vitesse de la lumière qui devient un facteur limitant.

Sept ans plus tard, Carver supervise désormais une infrastructure cloud hybride basée principalement sur Microsoft Azure et Kubernetes, Tableau et Microsoft Power BI pour l'analyse, le framework Azure AI de Microsoft et de nombreux processeurs graphiques Nvidia, tous connectés à un cluster informatique hautes performances à un niveau centre de données privé à proximité via une connexion 100 Gigabit.

Il semble que son approche de modernisation ait un impact.

L'automne dernier, l'UAB, qui, selon Carver, est le centre de recherche médicale de l'État, a fait une découverte génomique qui permet de transplanter des reins de porc chez l'homme – une percée potentiellement vitale qui a attiré l'attention de CNN et des principaux médias du monde.

L'équipe médicale de l'UAB a transplanté deux reins de porc chez un receveur humain en état de mort cérébrale et prévoit actuellement un essai clinique pour transplanter les reins de porc chez des humains vivants – une entreprise qui nécessitera l'approbation du gouvernement. En cas de succès, la procédure pourrait avoir un impact profond sur la mortalité par insuffisance rénale, qui fait des centaines de milliers de morts chaque année.

Carver ne réclame aucun crédit pour tout cela. Mais la transformation numérique en cours de l'UAB et la victoire scientifique qui en découle sont sans aucun doute un facteur permettant à sa recherche en génomique et de générer le type de collecte de fonds qui mène à plus de percées. Exemple : l'université vient de lancer un projet de 75 millions de dollars pour construire deux bâtiments qui serviront de centre de recherche en génomique UAB.

Transformer pour soutenir l'innovation scientifique

En plus de la refonte de l'ensemble de l'infrastructure informatique, Carver a fait pivoter la main-d'œuvre informatique de l'UAB pour consacrer davantage de ressources à l'innovation scientifique. Aujourd'hui, moins de la moitié de son personnel informatique est déployée pour "garder la lumière allumée" sur des questions telles que la résolution des problèmes d'assistance, tandis qu'un pourcentage plus important s'occupe des besoins technologiques de nouvelle génération de ses scientifiques en génomique et en médecine.

Ce type de muscle est important pour les scientifiques, qui se heurtaient autrefois à des limites dans tous les domaines informatiques – stockage, e-mail et puissance de traitement. Carver vise à offrir des services informatiques illimités aux chercheurs de l'UAB et est en bonne voie.

"Nos achats les plus récents se sont concentrés sur des processeurs informatiques hautes performances spécialement conçus pour les réseaux de neurones et l'intelligence artificielle, que nous utilisons beaucoup en médecine génomique", déclare le CIO. "Pour notre génomique, ces processeurs sont bien adaptés pour cela."

Les quelque 850 millions de dollars de recherche sponsorisée que l'UAB apporte chaque année contribuent également à élever ce que l'informatique peut fournir.

"L'idée est que nous passons d'une ère de rareté à une ère d'abondance", déclare Carver. « Et vous pouvez gérer l'informatique et le budget de manière à ce que les gens puissent se concentrer sur le cancer du pancréas. … L'idée est de créer une palette d'outils que les gens peuvent réellement utiliser plutôt que de nickeler et de l'atténuer.

Et l'analyste Dr Nimita Limaye, vice-présidente de la recherche sur la stratégie et la technologie de R&D en sciences de la vie chez IDC, affirme que de tels efforts informatiques dans des institutions comme l'UAB sont vitaux compte tenu de la concurrence du secteur privé.

"Les grandes sociétés pharmaceutiques investissent dans la technologie comme jamais auparavant et forgent de manière agressive des partenariats avec des fournisseurs d'IA", dit-elle. "Les universités et les centres médicaux universitaires doivent renforcer leurs positions en tant qu'écosystèmes d'innovation pour l'industrie des sciences de la vie, et par conséquent, il est essentiel que leurs DSI adoptent des technologies de pointe pour garder une longueur d'avance."

Prochaine étape : IA et décisions sur les lacs de données

À cette fin, la prochaine étape de l'UAB consiste à prendre de grandes décisions concernant l'expansion de ses plates-formes d'IA et d'analyse de données, explique Carver, qui ne gère pas seul la planification à long terme. L'UAB dispose de deux comités, la gouvernance des données et la stratégie numérique, dont les travaux aideront à orienter les décisions concernant la plate-forme d'IA et le lac de données de nouvelle génération à adopter, par exemple.

Dans le cadre de son plan de gouvernance des données, l'UAB cherche à développer une "expertise approfondie" dans les systèmes de données de base, y compris un dictionnaire de données, des validateurs numériques et un marché numérique. Carver dit que l'UAB "se penche vers" l'utilisation de ServiceNow, mais envisage également Salesforce pour son marché numérique.

"Plutôt que de passer par un véhicule contractuel pour résoudre un problème commun,[we want to build] une place de marché numérique et la déployer. Vous pouvez résoudre[purchasing] pour toute l'université au lieu d'une petite unité », explique Carver. "Cela favorise l'innovation, mais nous le faisons de manière à créer un avantage concurrentiel et une approche commune et à tirer pleinement parti des économies d'échelle que nous pouvons apporter en tant qu'université de plusieurs milliards de dollars."

UAB est un gros client de Microsoft, mais a également conclu des accords-cadres de service avec Amazon et Google, explique Carver. Le système de gestion de l'apprentissage de l'université, par exemple, s'exécute sur Amazon Web Services, et d'autres services sont hébergés sur Google Cloud Platform.

UAB exécute actuellement un serveur Tableau sur site utilisé par de nombreux services administratifs et certains chercheurs. Quelques départements du campus utilisent également Microsoft Power BI, a déclaré une porte-parole de l'UAB.

UAB prévoit de mettre en œuvre un serveur Power BI centralisé à l'avenir et de développer un catalogue de rapports centralisé qui affichera les rapports produits dans Tableau, Power BI et d'autres solutions d'analyse. Cela vise à aider les utilisateurs à trouver plus rapidement les rapports et les données associées, ajoute-t-elle.

Sur le front de l'intelligence artificielle, UAB utilise la technologie de traitement du langage naturel de Microsoft et les frameworks Azure AI. Par exemple, l'équipe de Carver a développé des « agents de conseil intrusifs » pour les étudiants qui ne suivent pas les cours, et des chatbots qui répondent aux questions courantes des étudiants et du personnel.

Mais il reste encore beaucoup à faire dans les domaines de l'IA, de l'automatisation et de l'analyse des données, ainsi que de la sécurité, l'un des projets favoris de Carver. La transformation numérique de l'UAB reste une entreprise pluriannuelle qui va dominer non seulement 2022 et 2023, mais aussi l'avenir prévisible, dit-il. Mais le travail à l'appui des efforts de recherche de l'université est gratifiant.

"Ce que les humains peuvent faire est génial. Ce que les ordinateurs peuvent faire est génial. Mais lorsque vous combinez les deux, lorsqu'un humain et un ordinateur interagissent ensemble pour résoudre ensemble un problème, c'est bien mieux », déclare Carver. « Ce n'est ni l'un ni l'autre. Mais comment pouvons-nous fournir des systèmes qui fonctionnent en synergie. »

Carver vise à fournir aux scientifiques une plate-forme très agile qui leur donne accès à des niveaux personnalisés de puissance de traitement, de stockage et de mise en réseau en 15 minutes. « Laissez-les se concentrer sur la science. Nous nous occuperons de l'arrière-plan des choses », déclare Carver. "Ainsi, ils gagneront plus de subventions, feront des découvertes scientifiques et changeront le monde."